Čistenie je základným krokom pri údržbe kartoték a metódy sa líšia v závislosti od materiálu. V prípade kovových kartoték použite na utieranie povrchového prachu mäkkú suchú handričku. Ak sú tam škvrny, navlhčite mäkkú handričku zriedeným, jemným, neutrálnym čistiacim prostriedkom a jemne utrite; vyhýbajte sa kyslým, alkalickým alebo korozívnym čistiacim prostriedkom, pretože môžu poškodiť povrchovú úpravu. Po vyčistení utrite všetku vlhkosť suchou handričkou, aby ste predišli hrdzi spôsobenej zvyškovou vodou.
Čistenie drevených kartoték vyžaduje starostlivú pozornosť na kontrolu vlhkosti. Pri bežnom čistení utrite povrch mierne navlhčenou mäkkou handričkou a ihneď vysušte suchou handričkou. Zabráňte prenikaniu nadmernej vlhkosti do dreva, čo by mohlo spôsobiť deformáciu alebo prasknutie. Na dyhované alebo lakované drevené skrinky nepoužívajte leštidlá na báze vosku-, pretože môžu zanechať povrch lepkavý alebo poškodiť povrch.
Pri čistení kartoték so sklenenými dvierkami používajte špeciálny čistič skla a nepoužívajte tvrdé nástroje, ktoré by mohli poškriabať sklenený povrch. Pri otváraní a zatváraní dvierok zaobchádzajte opatrne, aby ste zabránili rozbitiu skla v dôsledku nárazu.